La région Nouvelle-Aquitaine, située au carrefour des influences climatiques atlantique, atlantique altérée et montagnarde, héberge une faune riche et diversifiée dont de nombreuses espèces sont d’intérêt patrimonial tant à l'échelle locale qu'internationale.L'importance des atlas régionaux associatifs dans le développement de cette connaissance est particulièrement remarquable .
Les données diffusées reflètent l’état d’avancement des connaissances partagées et disponibles dans le cadre de la mise en œuvre du Système d'Information de l'iNventaire du Patrimoine naturel (SINP). Ces informations sont communiquées par la plateforme thématique faune du SINP régional (Observatoire de la Faune de Nouvelle-Aquitaine - Observatoire FAUNA).
Le SINP régional porté par les Pôles Thématiques Régionaux (Observatoire de la Biodiversité Végétale de Nouvelle-Aquitaine - OBVNA pour la flore, la fonge et les habitats, l'Observatoire de la Faune de Nouvelle-Aquitaine (Observatoire FAUNA) pour la faune, la RNN de Saucats-La Brède pour la géologie) et l'Observatoire Régional de la Biodiversité (ORB) porté par l’Agence Régionale de la Biodiversité Nouvelle-Aquitaine (ARB NA) participent à la mise en œuvre des politiques et des programmes publics en faveur de la biodiversité portés par la Région et l’État, et de ce fait constituent les acteurs et animateurs essentiels du SINP et de l’ORB.
Des espèces ont pu être répertoriées historiquement ou non revues sur la période choisie (2000 - 2020).
Mammifères
Le territoire national métropolitain compte 125 espèces de mammifères terrestres et marins. Mais cette biodiversité reste fragile avec une espèce sur trois considérée comme menacée ou quasi menacée en France métropolitaine (UICN, 2017).
Les oiseaux occupent une place importante dans les chaînes alimentaires et les écosystèmes : ils régulent les populations d’insectes et de rongeurs, disséminent les graines et sont la proie d’autres espèces animales.
Grâce à sa grande diversité d’habitats, la Nouvelle-Aquitaine accueille un nombre élevé d’espèces d’oiseaux nicheurs, hivernants ou en halte migratoire. Sa situation géographique et l’importance du littoral lui confèrent un rôle important dans la migration de diverses espèces d'oiseaux qui hivernent notamment dans les réserves naturelles.
La France métropolitaine accueille 284 espèces d’oiseaux nicheurs dont un tiers est menacé (UICN, 2016).
Les Amphibiens (amphi-bios = double vie) ou Batraciens possèdent un cycle de vie particulier : une phase aquatique (têtard ou larve) et une phase terrestre (adulte). Cette particularité illustre la nécessité de respecter la fonctionnalité et la connectivité des différents écosystèmes pour assurer leur protection car les populations de nombreuses espèces d'amphibiens sont en régression.
La France métropolitaine abrite 43 espèces d’amphibiens dont 8 sont menacés de disparition (UICN, 2015).
Les reptiles jouent un rôle important, bien souvent méconnu, dans le fonctionnement des écosystèmes, participant par la prédation d’insectes et de micromammifères notamment, au maintien de l’équilibre des milieux naturels. Parmi les espèces les plus communes se trouvent : le Lézard des murailles, la Couleuvre verte et jaune, le Lézard vert, la Couleuvre à collier...
La France métropolitaine abrite 46 espèces de reptiles dont 9 sont menacés de disparition (UICN, 2015).
Les poissons ne constituent pas une unité taxonomique homogène. On retrouve différents groupes parfois éloignés comme :
Les cyclostomes : vertébrés aquatiques sans mâchoire ni écaille, caractérisés, à l’âge adulte par une ventouse buccale adaptée à leur régime alimentaire d’ectoparasite : ils se fixent généralement par la bouche à un poisson (ou à un autre vertébré marin) dont ils râpent la chair pour sucer le sang (ex. : les Lamproies)
Les chondrichtyens : poissons à squelette cartilagineux (ex. : requins, raies...)
Les actinoptérygiens : poissons à nageoires rayonnées qui peuvent vivre en milieu marin (ex. : Sole, Vieille, Mulet...), en eau douce (ex. : Carpe, Brochet...) ou être migrateurs entre les milieux eau douce et marin (ex. : Esturgeon européen, Anguille européenne, Saumon atlantique, Aloses...).
Du fait de sa large façade océanique, ses nombreux estuaires et cours d’eau, la région Nouvelle-Aquitaine porte une responsabilité patrimoniale particulière pour les poissons migrateurs amphihalins. Ces poissons qui passent une partie de leur cycle de vie en mer, remontent les cours d’eau de Nouvelle-Aquitaine pour retrouver des milieux favorables à leur croissance et/ou se reproduire. La région jouit ainsi de la présence régulière de 7 grands migrateurs (Anguille européenne, Saumon atlantique, Truite de mer, Grande Alose, Alose feinte, Lamproie marine, Lamproie fluviatile). Par ailleurs, le bassin versant Garonne-Dordogne est le seul de l’Europe de l’ouest abritant en plus de l’ensemble de ces espèces, l’Esturgeon européen.
Cette diversité unique est cependant fragile car dépendante du bon fonctionnement des milieux aquatiques et notamment du respect de la continuité écologique des cours d’eau.
La France métropolitaine héberge 113 espèces de poissons continentaux dont 15 apparaissent menacées de disparition (UICN, 2019).
Les invertébrés (animaux qui n’ont pas de colonne vertébrale) comprennent entre autres les insectes, les crustacés, les mollusques, les araignées, les vers, les méduses, les éponges, les coraux. En dépit de leur importance numérique et des rôles essentiels qu’ils jouent au sein des écosystèmes, la connaissance des invertébrés affiche d’importantes lacunes. Un travail d'inventaire, de collationnement des sources d’informations et de synthèse s’avèrent donc indispensables à poursuivre. Actuellement, les odonates (libellules, demoiselles), les rhopalocères (papillons de jour) et les orthoptères (criquets, sauterelelles) sont représentés ici, cette liste sera progressivement enrichie. L'observatoire FAUNA centralise des données complémentaires sur les hyménoptères, coléoptères, araignées, malacostracés et mollusques (cf. Observatoire FAUNA). Localement, d'autres groupes sont étudiés par les réseaux naturalistes et il est aussi possible de se référer à leurs portails de partage de données.
Les très importantes dynamiques de colonisation de certaines espèces exotiques dans leurs territoires d'accueil amènent à les considérer comme envahissantes (espèces invasives) et à les gérer comme telles. Evaluées dans leur ensemble, ces espèces invasives constituent une des principales causes de pertes de biodiversité à l'échelle mondiale. Hormis dans le cas des systèmes insulaires où elles peuvent être directement cause de disparitions d'espèces indigènes, leurs introductions volontaires ou involontaires peuvent fréquemment provoquer de fortes modifications du fonctionnement des habitats et des régressions locales quelquefois critiques d'espèces indigènes appartenant aux diverses communautés vivantes des sites colonisés. Les espèces exotiques envahissantes font l'objet de réglementations bien particulières (cf. Brochures sur la règlementation des EEE).
Parmi les espèces animales exotiques envahissantes présentes en Nouvelle-Aquitaine se trouvent des insectes, des mollusques, des crustacés, des reptiles, des amphibiens, des oiseaux, des mammifères, etc. Les plus connues d'entre elles sont par exemple le Ragondin, la Grenouille taureau, l'Ecrevisse de Louisiane, le Vison d'Amérique ou la Tortue de Floride...