Afin d’inventorier et de sauvegarder le patrimoine naturel, il existe de nombreux outils qui s’appliquent sur les territoires. Selon leur vocation, on peut distinguer deux grands types de zonages : les zonages de connaissance et les zonages de protection.
Zonages pour la connaissance de la biodiversité
Les zonages de connaissance concernent des espaces naturels présentant un intérêt biologique et écologique important. Ils se caractérisent par la présence d’espèces patrimoniales, menacées et/ou protégées mais ne constituent pas une mesure de protection juridique : on distingue les Zones Naturelles d'Intérêt Ecologique Floristique et Faunistique (ZNIEFF) ainsi que les Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ZICO).
Lancé en 1982, l'inventaire des ZNIEFF a pour objectif d'identifier et de décrire, sur l'ensemble du territoire national, des secteurs de plus grand intérêt écologique abritant la biodiversité patrimoniale dans la perspective de créer un socle de connaissance mais aussi un outil d'aide à la décision (protection de l'espace, aménagement du territoire). Il s'agit d'un inventaire permanent en constant renouvèlement. Les ZNIEFF couvrent 15% de la superficie de la Nouvelle-Aquitaine.
Les ZICO sont des sites d’intérêt majeur qui hébergent des effectifs significatifs d’oiseaux sauvages d’importance européenne, qu’il s’agisse d’espèces nicheuses, hivernantes ou en halte migratoire. Inventaires publiés en 1994 à l’origine des Zones de Protection Spéciale (ZPS) intégrant le réseau Natura 2000, les ZICO couvrent 5,3% de la superficie de la Nouvelle-Aquitaine (4 470 km²).
Dans la majorité des cas, la protection de la biodiversité sur les territoires se réalise par une gestion durable des activités humaines pour limiter leurs impacts négatifs sur la biodiversité et encourager des mesures favorables à celle-ci. Cette protection peut impliquer une réglementation spécifique ou des démarches contractuelles.
En 2015, la Nouvelle-Aquitaine est la région française qui possède la plus grande surface d'aires protégées : 50 036 km² d'aires protégées terrestres et marines, dont 97 % en protection conventionnelle (64 % au titre de directives européennes (Natura 2000) et 33 % autres), 1,7 % en protection réglémentaire et 1,3 % en protection par maîtrise foncière (source : INPN).
Les zonages de protection de la biodiversité sont les suivants:
La désignation des ZSC est plus longue que les ZPS. Chaque État commence à inventorier les sites potentiels sur son territoire. Il fait ensuite des propositions à la Commission européenne, sous la forme de pSIC (proposition de Site d'Intérêt Communautaire). Après approbation par la Commission, le pSIC est inscrit comme Site d'Intérêt Communautaire pour l'Union européenne et est intégré au réseau Natura 2000. Un arrêté ministériel désigne ensuite le site comme ZSC, lorsque son document d'objectif est terminé et approuvé.
Les Sites d'Intérêt Communautaire suivantes couvrent 0.36 % du territoire :
Zones humides des têtes du bassin versant du ruisseau des Deux Aigues
Forêt de Blanchefort
Marais du Brezou
Lande humide des Chaux
Protection au titre d’une désignation internationale ou accord international :
Les réserves de biosphere suivantes couvrent 100 % du territoire :
Bassin de la Dordogne (zone tampon)
Bassin de la Dordogne (zone de transition)
La séquence « éviter, réduire, compenser »
L’artificialisation des sols est la première cause de la dégradation des milieux naturels et de la biodiversité. En France, le dispositif réglementaire ayant pour objectif d’éviter les atteintes à l’environnement, de réduire celles qui n’ont pu être suffisamment évitées et de compenser les effets qui n’ont pu être ni évités, ni suffisamment réduits, est connu sous le nom de séquence ERC (« éviter, réduire, compenser »).
Une mesure compensatoire des atteintes à la biodiversité intervient sur l’impact résiduel d’un projet d’aménagement, lorsque toutes les mesures envisageables ont été mises en œuvre pour éviter puis réduire les impacts négatifs sur la biodiversité. Elle vise à offrir une contrepartie positive à un impact dommageable non réductible provoqué par un projet, de façon à maintenir la biodiversité dans un état équivalent ou meilleur par rapport à celui observé avant sa réalisation.
Les mesures compensatoires se concrétisent par des actions de réhabilitation, de restauration ou de création de milieux. Elles doivent être complétées par des mesures de gestion conservatoire (ex. : pâturage extensif, entretien de haies, etc.) afin d’assurer le maintien de la qualité environnementale des milieux.
Mesures compensatoires prescrites des atteintes à la biodiversité :
Projets soumis à évaluation environnementale :
L’évaluation environnementale est un processus visant à intégrer l’environnement dans l’élaboration d’un projet. Elle sert à éclairer tout à la fois le porteur de projet et l’administration sur les suites à donner au projet au regard des enjeux environnementaux, ainsi qu’à informer et garantir la participation du public. Elle doit rendre compte des effets potentiels ou avérés sur l’environnement du projet et permet d’analyser et de justifier les choix retenus au regard des enjeux identifiés sur le territoire concerné. Les décisions autorisant les projets doivent être justifiées, notamment quant au risque d’effets négatifs notables sur l’environnement et la santé, ces derniers devant être évités, réduits ou compensés.